Makrofyter är detsamma som vattenvegetationen och inkluderar kärlväxter, mossor och kransalger. Makrofyter påverkar och blir påverkade av biologiska och hydrobiogeokemiska processer då de bland annat påverkas av näringsstatus, pH och alkalinitet. Till skillnad från växtplankton reagerar makrofyter mer långsamt på förändringar i vattenmiljön varför statusklassning mer visar på årstidens näringsstatus och inte specifikt för inventeringstillfället. Bedömningsgrunder saknas för makrofyter i kustvatten och vatten i övergångszon, varför maximal djuputbredning i meter och antal taxa visas för Edsviken.