Bottenfauna är bottenlevande ryggladslösa djur i vattenmiljöer. Sammansättningen av bottenfaunan påverkas av bland annat eutrofiering och surhet och drivs då mot en större dominans av toleranta bottenfaunaarter. Det multimetriska indexet BQIm (Benthic Quality Index) ingår i bedömningsgrunderna för kustvatten och vatten i övergångszon. Indexet används för att mäta tillståndet genom att räkna med olika fjädermyggarters känslighet mot låga syrgashalter.